El municipio cuenta con una gran variedad de animales y plantas debido a la diversidad de climas. Estas se han enfrentado a procesos de extinción, por la tala indiscriminada de bosques y cacería de animales silvestres. Es importante resaltar labores en pro de la conservación y defensa del ecosistema, adelantadas por entidades del orden nacional, departamental y municipal
En cuanto a la flora se refiere las podemos agrupar en ornamentales: orquídeas, anturios, nardos, colegial, veraneras, begonias, petunias, glosinias, entre otras, las que se comercializan con la ciudad de Pasto.
Algunas plantas medicinales, las cuales son tenidas en cuenta dentro de la medicina naturista, congona, hierba buena, toronjil, malva tendida, apio, tomillo, berros, llantén cedrón, menta, entre otros.
En el campo industrial el municipio predominan árboles maderables como el eucalipto, pichuelo, hurapán, campanillo, guayacán, los cuales son utilizados en la obtención de leña, para la construcción de viviendas y muebles. Árboles frutales como el tomate, granadilla, motilón, charmolán
En cuanto a la fauna se refiere predominan los animales domésticos y algunas especies que están en vía de extinción como , el cóndor, el cual se encuentra en la confluencia de los ríos Juanambú y Pasto, más concretamente en el sitio denominado la Joya en la vereda Llanos de Manchabajoy y en las regiones y bosques del municipio encontramos las especies de ardillas, venados, cusumbos, armadillos, zorros, búhos y algunas especies de aves como el curillo, mirla, torcaza, carpintero y pavas entre otros.
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